Мало људи зна да се више од 70% ћелија имуног система налази у цревима. Због тога није изненађујуће што пробиотици играју кључну улогу у подршци имунолошкој функцији организма. Њиховим дејством на микрофлору директно се утиче на способност тела да се бори против вируса, бактерија и других патогена.
Када је равнотежа у цревима нарушена, имуни систем слаби и постајемо подложнији инфекцијама, алергијама и упалама. Пробиотици стимулишу производњу антитела, побољшавају баријерну функцију цревног зида и смањују упалне процесе. Захваљујући овим својствима, све је више доказа да пробиотици могу имати улогу у превенцији аутоимуних болести и хроничних упалних стања.
Узимање пробиотика се препоручује у сезонским периодима када су инфекције чешће, као и након болести ради бржег опоравка. Такође, могу помоћи у смањењу симптома алергија и у регулисању хиперактивног имуног одговора, што је посебно важно за особе са астмом или атопијским дерматитисом.