Иако су пробиотски суплементи практични, најбољи начин за унос добрих бактерија често се налази у нашој исхрани. Многе традиционалне намирнице садрже природне пробиотике који могу подржати здравље црева и укупни имунитет.
Јогурт, кефир, кисели купус, кимчи, мисо супа и други ферментисани производи су природни извори „живих“ култура бактерија. Ове намирнице не само да обнављају цревну флору, већ побољшавају и варење, снижавају ниво холестерола и утичу позитивно на расположење. Редовна конзумација ферментисане хране може бити природна алтернатива или допуна пробиотским суплементима.
Важно је обратити пажњу на то да производи буду непастеризовани, јер пастеризација уништава живе бактерије. Такође, производи који садрже шећер и вештачке адитиве могу смањити ефекат пробиотика. Зато је најбоље бирати домаће или органске верзије, када год је то могуће.